Des 1768 année du rattachement de la Corse à la France, le roi Louis XV établit dans l'île un Commissaire Général de la Marine avec pour mission d'organiser le service des classes, des ports et des arsenaux. Le 12 août 1886,le Capitaine de Vaisseau Regnault de Premesnil est désigné pour être le premier Commandant de la Marine en Corse. Un important système de défense est alors mis en place dans la baie d'Ajaccio dont on peut encore trouver des vestiges, tels que les batteries disposées depuis La Parata jusqu'a La Castagna, en passant par la chapelle des Grecs, Aspretto, Capitello et Porticcio. En 1888, la base Navale d'Ajaccio abrite une flottille de torpilleurs assurant des patrouilles côtières et le convoyage des cargos durant la première guerre mondiale. Un centre d'aviation maritime abrite 16 hydravions de lutte anti-sous-marine. Suite à un rapport qui juge la défense de l'île très insuffisante, la Marine décide en 1932 la construction d'une Base Aéronautique au sein même de la Base Navale existante. Désarmée en 1940,la Base retrouvera son activité pour accueillir 5 Spitfires et les avions amphibies Catalina de la flottille 6F chargés de la lute anti-sous marine et de la protection des convois. L'escadrille 20S,Armés d'hydravions Dornier, la remplacera de 1947 à 1950, époque à laquelle, avec la disparition des hydravions, la base est mise en sommeil pendant 5 ans. Durant cette période, la Marine Nationale se voit concéder sur le terrain de Campo dell' Oro d'une enclave suffisante pour recevoir une formation de l'Aéronautique Navale. La flottille 9 F, Armée d'Avions monomoteurs "TBM Avenger" de lutte anti-sous-marine est ainsi affectée à Aspretto jusqu'en 1960. En 1961,la flottille 9F rejoint la Base Aéronautique Naval d'hyères et l'escadrille 55S, école de pilotage sur multimoteurs, armée de bimoteurs Beechcraff, s'installe à Ajaccio. Dans le même temps, la base Navale perd de sont intérêt et de son importance et, en 1974,la majeure partie des terrains qu'elle occupait sont remis à la commune d'Ajaccio. C'est ainsi que la Base Navale d'Aspretto devient le pivot de la Marine en Corse. La principale mission de la Marine en Corse est de participer à la défense maritime du territoire national et d'assurer la surveillance permanente du secteur maritime côtier de la corse Elle dispose pour cela d'un ensemble de moyens opérationnels :
L'ensemble de ces moyens est contrôlé à partir du Poste de Commandement du Secteur Maritime Côtier, armé en permanence et situé sur la B.A.N. La marine en Corse assure également de nombreuses missions de secteur public :
Le Centre Régional Opérationnel de Secours et de Sauvetage Corse (C.R.O.S.S) installé depuis 1985 dans les locaux opérationnels de la B.A.N dirige les missions de recherche, de sauvetage et de police des pêches. Le Commandement de la marine en Corse assure la représentation auprès des autorités civiles et militaires du Commandant en chef pour la méditerranée et préfet maritime de la III Région Maritime.
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